SAAT/GÜN

1. GÜN

SAAT/GÜN

2. GÜN

09:00 –09:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: Açılış, Ön test ve Genom bilim

09:00 -11:45
Ders Saati: 3

DERS ADI: Laboratuvar uygulaması

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Dr. Bora Ergin

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof Dr. Nuhan PURALI, Dr. Bora Ergin, Dr. Berk Sağlam

DERS KONUSU: Eğitimin genel tanıtımı ve Sekanslama yöntemlerinin kronolojik incelenmesi

DERS KONUSU: Örnek bir veri setinde teorik bilgilerin uygulanması

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: A- Genom Dizileme:

Sekans data tipleri

Sanger Dizileme

Yeni Nesil Dizileme

3. Nesil Dizileme

DETAYLI DERS İÇERİĞİ:

Referans genoma hizalama

Sonuçların kalite kontrolü

Gruplar arası;

DESeq2 / EdgeR analizleri

Volcano plot / Heatmap / İfade seviyesi değişikliği gösteren genlerin analizi

Yolak ve Fonksiyon Analizleri

Gene Ontology analizleri

KEGG Analizleri

Görselleştirme ve fonksiyonel analizler

10:00 –10:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: Transkriptom dizileme

DERS ADI: Laboratuvar uygulaması

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof. Dr. Nuhan Puralı ve Dr. Bora Ergin

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof Dr. Nuhan PURALI, Dr. Bora Ergin, Dr. Berk Sağlam

DERS KONUSU: Transkriptomdan mRNA dizisi elde etme

DERS KONUSU: Örnek bir veri setinde teorik bilgilerin uygulanması

DETAYLI DERS İÇERİĞİ:

Biyolojik örnek seçimi

Total RNA ve mRNA izolasyonu

Kütüphanelerin hazırlanması ve kontrolü

Örneklerin sekanslanması

Kısa okuma trimleme, filtreleme ve kalite kontrolü

Hizalama algoritmaları

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: Transkript Çıkarımı: BAM/BAI dosyaları kullanılarak TransDecoder ile transkriptom verisinin

Skorlama: Elde edilen transkriptom verisinin BUSCO skorunun hesaplanması.

Karşılaştırmalı Analiz: Genom ve transkriptom BUSCO verilerinin kıyaslanması.

11:00 -11:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: TRUBA HPC Kullanımı

DERS ADI: Laboratuvar uygulaması

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Dr. Berk Sağlam

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof Dr. Nuhan PURALI, Dr. Bora Ergin, Dr. Berk Sağlam

DERS KONUSU: TRUBA HPC kayıt ve kullanım koşulları, örnek uygulamalar

DERS KONUSU: Örnek bir veri setinde teorik bilgilerin uygulanması

DETAYLI DERS İÇERİĞİ:

• a. Hesap Yönetimi: Kullanıcı hesabı oluşturma, ID ve parola süreçleri.

• b. Uzak Bağlantı: VPN kurulumu ve TRUBA sistemine güvenli erişim.

• c. Veri Transferi: Rsync ve SCP komutları ile sunucu-yerel bilgisayar arası veri aktarımı.

• d. İş Kuyruğu Yönetimi: .slurm dosyalarının hazırlanması, sbatch komutu ile iş gönderimi ve squeue -u “id_name” süreç takibi.

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: Kerevit model hayvanı için Sınırlı Okuma ile De Novo Genom Montajı (Assembly) Uygulaması

• a. Long-Read Assembly: Hifiasm kullanarak uzun okuma verilerinden genom montajı.

• b. Kalite Kontrol: BUSCO ve QUAST araçları ile genom tamlığının ve kalitesinin değerlendirilmesi.

• c. İndeksleme: HISAT2 yazılımı ile referans genom verisinin indekslenmesi.

• d. Hizalama (Mapping): RNA kısa okuma verileri ile genom montajının haritalandırılması; BAM ve BAI dosyalarının üretilmesi.

13:00 -13:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: Transkriptom Montajı

13:00 -13:45
Ders Saati:

1

DERS ADI:Schrödinger Maestro ile Docking ve Etkileşim Analizi

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof.Dr.Nuhan Puralı ve Dr. Berk Sağlam

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Öğr Gör. Dr. Burak ÇINAR

DERS KONUSU: Sekanslama verilerinden de novo transkriptom eldesi

DERS KONUSU: Maestro arayüzü ve moleküler kenetlenme süreçlerinin teorik temelleri

TRUBA platformu veya DNAstar kullanımı

Trinity ve RNAspades ile TRUBA’da de novo Transkriptom montajı

DNAstar ile de novo montaj

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: Docking araçlarının arayüzünün temel modülleri tanıtımı; protein ve ligand hazırlama, grid oluşturma ve Glide ile moleküler docking süreçlerinin teorik altyapısı açıklanması. Skorlama fonksiyonları (SP/XP), bağlanma enerjisi kavramı ve docking sonuçlarının etkileşim analizi ele alınması. MM-GBSA ve docking verilerinin farmakolojik açıdan yorumlanması.

14:00 -14:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: RNAseq

14:00 -14:45
Ders Saati:

1

DERS ADI: GROMACS MD Simülasyonlarına Giriş

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof Dr. Nuhan PURALI

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Dr. Öğr. Üy. Azizeh ShadiDizaji

DERS KONUSU: RNA Kısa okumalarından yapılacak olan RNAseq yönteminin genel prensipleri

DERS KONUSU: MD simulasyonların önemli değişkenleri

DETAYLI DERS İÇERİĞİ:

Multivariyan analiz kapsamında:

Variance Stabilazing Tranformation (VST)

• Distance HeatMap

• Clustering

• PCA (Principle Component Analysis)

• RPKM ve DESEQ2

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: MD simülasyonlardaki önemli kavramlar ve uygulamaları

15:00 -15:45
Ders Saati: 1

DERS ADI: Moleküler Modelleme, Moleküler dinamik

15:00 -15:45
Ders Saati:

1

DERS ADI: Kapanış ve Katılım belgesi takdimi

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Prof. Dr. Mustafa Erdem SAĞSÖZ

DERS VERECEK ÖĞRETİM ÜYESİ: Tüm öğretim görevlileri

DERS KONUSU: Protein hazırlığı, MD set-up, Relaksasyon, Schrödinger Maestro ile Moleküler Dinamik, Maestro araçlarının tanıtımı ve kullanımı MD simulasyonların önemli değişkenler

DERS KONUSU: Eğitimin genel değelendirilmesi

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: MD simülasyonlardaki önemli kavramlar ve uygulamaları

Maestro ile system setup/membran proteinlerini yerleştirme, çözücü ve çeşitli iyonların yerleştirilmesi ve sonuçların analiz edilmesi

DETAYLI DERS İÇERİĞİ: Son test, Katılımcıların geri bildirimlerinin alınması

Toplam Ders Sayısı=6

Toplam Ders Sayısı=5